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聚类分析官方正式版

  • 大小:3.04MB
  • 语言:简体中文
  • 类别:健康医药
  • 类型:电脑软件
  • 授权:
  • 时间:2022-01-17
  • 官网:
  • 环境:
  • 安全检测:无插件360通过腾讯通过金山通过瑞星通过
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普通下载

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聚类分析是一款专注于物品聚类分析的工具,能够对物品的杂合度、遗传距离以及信息含量进行计算分析,并能够直接以图文的方式,显示出分析结果,详细的提供分析结果数据,方便用户查看,适用范围广,可适用于血型、品种聚类、蛋白质多态等多个方便,有需要的用户赶快来下载聚类分析官方正式版吧!

功能介绍

1、定义矩阵

定义数据矩阵的大小,用“长×宽”表示,X轴方向为品种,Y轴为数据;分类数(位点数)只在用Roger公式计算遗传距离时根据需要输入,系统默认值为“1”。如输入“5”ד4”“2”,即表示有5个品种,4行数据,2个基因位点。系统最多支持255个品种,9999条数据。

2、输入数据

按定义的矩阵创建一个空白矩阵,若没有定义矩阵大小,则按当前矩阵的大小创建空白矩阵。

3、读入数据

将通过“保存矩阵”命令保存到磁盘上的数据读入到系统,系统将自动创建一个大小与之相适应的矩阵,并将全部数据读入。

4、追加数据

在当前矩阵的尾部继续添加一个已保存的数据,主要用于计算遗传距离。

5、读入遗传距离

将保存到磁盘上的遗传距离数据读入,可直接用于聚类计算。

6、数据正规化

将当前矩阵中的数据按“标准差标准化法”进行处理。注意:点此命令后,在计算遗传距离和进行聚类计算都会使用经过处理后的数据。只有在重新读入或查看原始数据后才会恢复原始数据,再进行遗传距离和聚类计算就会按照原始数据进行计算。

7、计算杂合度

按照Nei氏公式(1974)计算出各品种的杂合度。

8、计算多态性

按照Nei氏公式(1974)计算出各品种的多态信息含量。

9、计算欧氏距离

在将各数据读入到系统后,可用此命令按照Roger公式计算出各品种之间的遗传距离。注:如未在“定义矩阵”中定义分类数(等位基因数),则系统默认其值为1。在此情况下计算得出的遗传距离与使用Mahalanobis公式计算的遗传距离是一样的。未注册用户最后3个品种的遗传距离不显示。

10、计算遗传距离

在将各数据读入到系统后,可用此命令按照Nei氏公式(1983)计算出各品种之间的遗传距离。未注册用户最后3个品种的遗传距离不显示。

11、进行聚类计算

在已计算或读入遗传距离后,可用此命令按P.H.A.Sneath等(1973)的类平均聚类法(UPGMA法,又称非加权算术平均数成对聚类法)进行系统聚类。聚类结果说明:第1列No为序列号,代表是第几次聚类;第2列D为距离系数;第3、4列breed1、breed2为参于聚类的两个品种,第5列Cluster为聚类后的新名称,第6列Content为两品种的名称。未注册用户最后3次聚类结果不显示。

12、查看原始数据

将原始数据读入到当前矩阵中。并清除正规化处理过的数据。

13、查看遗传距离

将读入的遗传距离或经过计算得到的遗传距离在当前矩阵中显示。

14、查看聚类图

按照聚类后的结果自动画出聚类图。

15、保存聚类图

将显示的聚类图以图象文件保存到磁盘上。未注册用户无此功能!

16、保存矩阵

将当前矩阵保存到磁盘上。若当前矩阵为原始数据,则保存原始数据;若为经过正规化处理过的数据,则保存经过处理的数据;若为杂合度,则保存杂合度;。。。。。。;若为聚类结果,则保存聚类结果。未注册用户无此功能!

17、数据导出

系统自动判断当前所有矩阵中所含的数据,并将其导出为Excel文件。未注册用户无此功能!

运行环境

1、硬件环境

硬件名称 最低配置 建议配置

CPU中央处理器 586 奔腾PⅡ以上或兼容芯片

内存   32M 64M以上

硬盘自由空间 1M 10M以上

显示器 VGA真彩 SUPER VGA或液晶显示

2、软件环境

操作系统: Windows95/98/Me/Nt/2000/Xp

并安装有Excel97及以上版本的办公软件,否则数据无法导出为Excel格式的文件。

3、推荐使用

Win2000或Xp操作系统+Office2000。本软件在win98+win2000上测试通过,如运行不正常,请与作者联系。

使用方法

1、安装完成点击桌面上的软件打开,界面如图所示。

2、点击定义矩阵,可以在这里控制数据的矩阵,定义数据矩阵的大小,用“长×宽”表示,X轴方向为品种,Y轴为数据;分类数(位点数)只在用Roger公式计算遗传距离时根据需要输入,系统默认值为“1”。如输入“5”ד4”“2”,即表示有5个品种,4行数据,2个基因位点。系统最多支持255个品种,9999条数据。

3、输入数据,将您的分析数据文件导入软件中进行分析,按定义的矩阵创建一个空白矩阵,若没有定义矩阵大小,则按当前矩阵的大小创建空白矩阵。

4、数据正规化,可以将数据自动排版,将当前矩阵中的数据按“标准差标准化法”进行处理。注意:点此命令后,在计算遗传距离和进行聚类计算都会使用经过处理后的数据。只有在重新读入或查看原始数据后才会恢复原始数据,再进行遗传距离和聚类计算就会按照原始数据进行计算。

5、计算命令,您可以通过鼠标点击不同的计算项目进行数据分析,具有计算杂合度、计算多态性、计算欧氏距离、进行聚类计算。

6、数据查看及保存命令、查看原始数据、查看遗传距离、保存聚类图、保存矩阵、数据导出。

小编点评

在聚类分析中,用户可查看详细的原始数据、遗传距离、聚类结果等信息,并能够以聚类图的方式,为用户直观化呈现出数据,各项数据一目了然。

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